2012年，国家土地督察机构通过对北京市门头沟区等54个地区361个县（市、区）开展例行督察，发现的八类问题为：一是部分地区违法违规批准农用地转用和土地征收，征地补偿安置落实不到位，新增建设用地有偿使用费、耕地开垦费征收不到位；二是部分地区土地出让金收支管理不规范，违法违规出让土地，涉及52个地区；三是部分地区存在土地批而未供问题，闲置土地处置不到位，擅自改变土地用途；四是部分地区存在土地违规抵押融资问题，违规办理土地登记；五是部分地区违法违规占用土地，土地执法监管职责履行不到位，涉及51个地区；六是少数地区耕地占补平衡落实不到位，基本农田保护不到位；七是部分地区规划部门违规办理用地规划许可，发展改革部门未经土地预审或违反产业政策批准、核准建设项目，建设部门违规办理施工许可；八是部分地区违规下放土地管理审批权限。

针对例行督察发现的问题，国家土地督察机构督促地方立案查处土地违法案件8550件，对违法用地进行整改纠正，其中追缴土地出让收入和收缴罚款170.82亿元，收回闲置土地和盘活批而未供土地53.11万亩，拆除和没收地上违法建（构）筑物面积3571.84万平方米，给予党纪政纪处分2311人，移送司法机关追究刑事责任216人。

公告称，2012年，按照国土资源部“保发展保红线工程”2012年行动部署，国家土地督察机构协调、督导重点工作，推动地方政府建立土地管理新格局，促进了最严格的耕地保护制度和最严格的节约用地制度的落实。

2012年，国家土地督察机构对30个省（区、市，不含西藏自治区）和新疆生产建设兵团开展了补充耕地和耕地占补平衡专项督察。根据“均衡布点、随机抽样、异地核查”的原则，实地核查了91个地区 “十一五”期间的补充耕地项目9159个，涉及新增耕地437.81万亩，约占全国同期新增耕地面积的15%。督察表明，“十一五”以来，我国耕地占补平衡总体情况良好，基本做到了占补平衡、应补尽补。

2012年，国家土地督察机构还对地方政府建设用地审批事项开展了监督检查，审核了省级政府2011年~2012年2.65万件农用地转用和土地征收审批事项，向11个省（区）人民政府和新疆生产建设兵团提出督察意见。抽查了460个开发区、工业园区用地情况，发现地方以各种名义违规设立园区圈占土地的问题比较突出。为督促地方政府整改违法用地，国家土地总督察约谈了违法用地严重的11个市、县人民政府主要负责人，各派驻地方的国家土地督察局分别约谈了违法用地严重的4个市（州）和16个县（区）人民政府主要负责人。国家土地督察机构还重点督察了地方土地违规抵押融资和征地补偿安置情况。